殷商历时600年，自商汤传至纣王。纣王受九尾妖狐附体的妲己所迷惑，残暴无道，武王率众伐之。纣王自焚于鹿台，妲己亦被斩首而死。
然妲己九尾妖狐精魄未灭，乃采日精月华，吸天地之灵气，又归于通天教主门下再修得千年真身。而后携五火七禽扇、金霞帽、倾世元纕，领诸多妖怪仙人作乱人间。
灵鹫山元觉洞燃灯道人赐李靖八宝玲珑塔一尊，下界除妖。
轩辕坟前，托塔天王与九尾妖狐大战三日，尤未分胜负。后祭起八宝玲珑塔，金光白日之下，妖狐被压于塔下不得动弹，其余妖仙鬼怪俱散去，一时清平盛世，再无风浪。
百年之后，塔内生变，妖气绕塔三匝，聚而不散。
犹是千年妖狐吹散芥子乾坤，令塔内道法黯灭，混沌之力骤而溃散。
宝塔之内七件举世法宝，三足金乌、瑰仙剑、惊神戟、乾坤尺、天罗伞、净世拂尘和战天刺俱为妖狐所得。
燃灯道人料得天界有此一遭，遂命金甲力士将八宝玲珑塔沉入大泽。不料泽有龙潭，实生龙蛇，九尾妖狐以摄魂之术控制龙之九子，螭吻，使其缠绕塔身，欲将宝塔崩裂。
神功妙济真君路过此地，恰见泽海之水翻江倒海，定有蹊跷，遂遁入海底一窥究竟。乃见妖气弥漫，蛟龙绕塔，便知所以。遂取出斩妖剑，插入龙嘴，定住其身，使之动弹不得。然宝塔受损，已现裂痕，经妖狐法力催动，竟碎成三块散落大泽海底。
九尾妖狐破塔而出，一时天地色变，电闪雷鸣，风雨骤生。百里之内化为焦土，千里之外水漫众生，人间界再遭灭顶之灾。
《仙国志》以商纣灭亡，九尾乱世为故事背景，讲述了仙、魔、人三界遭遇天地浩劫之时，为使三界平衡不被打破，所展开的亦敌亦友、针芒相对的生死较量。
